2 октября 2013 года на очередном заседании Священного Синода Русской Православной Церкви под председательством Святейшего Патриарха Кирилла было принято постановление об образовании Горноалтайской епархии. Решение было принято по рассмотрении рапорта епископа Барнаульского и Алтайского Сергия (Иванникова). В этом рапорте, в частности, говорилось: «Почтительно обращаюсь к Вам с просьбой о создании Священным Синодом на территории Республики Алтай самостоятельной епархии. Республика Алтай является динамично развивающимся субъектом Российской Федерации, который в церковном отношении входит в состав Барнаульской епархии. В этой связи представляется весьма затруднительным, учитывая обширность территории, осуществлять духовное и административное управление двумя самостоятельными регионами и вместе с тем плодотворно осуществлять решения Архиерейских Соборов 2011 и 2013 годов об увеличении числа приходов, духовенства и приближении архиерея к своей пастве». Священный Синод постановил: образовать в административных границах Республики Алтай Горноалтайскую епархию, выделив ее из состава Барнаульской епархии, епархиальному архиерею Горноалтайской епархии иметь титул «Горноалтайский и Чемальский». Епископом Горноалтайским и Чемальским избран иеромонах Каллистрат (Романенко), насельник Свято-Троицкой Сергиевойй Лавры, устроитель скита в Усть-Коксинском районе Республики Алтай.
10 ноября 2013 года в неделю 20-ю по Пятидесятнице, в день памяти Димитрия, митрополита Ростовского, Святейший Патриарх Московский и всея Руси Кирилл совершил Божественную литургию в московском храме Рождества Пресвятой Богородицы во Владыкине. За литургией Предстоятель Русской Православной Церкви возглавил хиротонию архимандрита Каллистрата (Романенко) во епископа Горноалтайского и Чемальского.
20-21 ноября, в день памяти Архистратига Михаила и прочих Небесных Сил бесплотных, в храме Святого Духа в селе Майма состоялось первое богослужение епископа Горноалтайского и Чемальского Каллистрата в новообразованной епархии. В богослужении участвовало все духовенство Республики Алтай.
1 марта 2014 года, в день памяти святителя Макария, митрополита Московского, Алтайского, было совершено освящение храма во имя святителя Макария в с. Чемал.
Освящение храма совершили Преосвященные Сергий, епископ Барнаульский и Алтайский, и Каллистрат, епископ Горноалтайский и Чемальский. Это освящение стало первым в Горноалтайской епархии.
2 ноября 2014 года в Свято-Макарьевском храме г. Горно-Алтайска была совершена Воскресная Божественная литургия, возглавил которую епископ Горноалтайский и Чемальский Каллистрат. Во время службы была совершена первая в епархии иерейская хиротония. Диакон Александр Поздеев был рукоположен во иерея. В Горноалтайской епархии было рукоположено 5 диаконов и 8 иереев. Все они сегодня служат в разных уголках Республики Алтай.
19-20 сентября 2015 года состоялся визит Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Кирилла в Республику Алтай. Это первое в истории посещение Горного Алтая Предстоятелем Русской Православной Церкви. Визит Святейшего Патриарха был приурочен к 185-летию основания Алтайской духовной миссии. 20 сентября 2015 года Святейший Патриарх Московский и всея Руси Кирилл совершил Божественную литургию на центральной площади г. Горно-Алтайска. На молитву собралось около 5 тысяч человек. Богослужение совершалось на церковнославянском и алтайском языках. Ряд литургических возгласов Святейший Патриарх Кирилл произнес на алтайском языке. В этот же день в центре Горно-Алтайска Святейший Патриарх Кирилл совершил чин освящения поклонного креста на месте, где архимандритом Макарием (Глухаревым) был крещен первый алтаец – юноша Элеска.
31 августа 2016 года состоялось перенесение из Москвы в Горно-Алтайск мощей святителя Макария (Невского), митрополита Московского, Алтайского. Возглавил перенесение мощей Святейший Патриарх Кирилл.
Епископ Горноалтайский и Чемальский Каллистрат направил Патриарху следующее прошение: «Учитывая неоценимый вклад святителя Макария Московского, митрополита Алтайского, в дело развития и христианского просвещения Горного Алтая, а также принимая во внимание свидетельство об искренней любви к Алтаю и личное желание митрополита Макария быть здесь, почтительно прошу Ваше Святейшество благословить перенесение мощей святителя Макария (Невского) из Свято-Троицкой Сергиевой лавры в кафедральный собор г. Горно-Алтайска». Святейший Патриарх удовлетворил это прошение и пожелал сам возглавить перенесение мощей святого. Также Предстоятель Русской Православной Церкви совершил чин освящения закладного камня в основание нового кафедрального собора в честь Всемилостивого Спаса в г. Горно-Алтайске.
31 июля 2016 года в рамках паломнической поездки по святым местам России в Горноалтайску епархию прибыли потомки эмигрантов и священнослужители из трех стран – Австралии, Канады и США. Возглавил делегацию из тридцати человек Первоиерарх Русской Православной Церкви Заграницей митрополит Восточно-Американский и Нью-Йоркский Иларион (Капрал). 1 августа 2016 года митрополит Иларион в сослужении с епископом Горноалтайским и Чемальским Каллистратом совершил Божественную литургию в храме в честь иконы Божией Матери «Всех скорбящих Радость» в с. Чемал.
13 октября 2017 года в Горно-Алтайском университете состоялось торжественное открытие выставки-форума «Радость слова». Выставка была организована Издательским советом Русской Православной Церкви при участии Ассоциации книжных издательств и торговых организаций «Православная книга». В рамках форума состоялась конференция «100-летие возобновления Патриаршества в России». С приветственным словом к собравшимся обратился Высокопреосвященнейший Климент, митрополит Калужский и боровский, председатель Издательского совета Русской Православной Церкви.
Особой датой для православных христиан Горного Алтая является 5 сентября – день памяти Михаила Васильевича Чевалкова. Ежегодно на месте его упокоения – на территории Свято-Троицкого храма с. Онгудай проводятся заупокойные богослужения. В 2021 году могила была украшена сенью.
20 октября 2022 года в Горноалтайской епархии в рамках VIII епархиальных Рождественских образовательных чтений состоялся круглый стол, посвященный проблемам использования алтайского языка в богослужебной практик алтайских миссионеров, на котором была высказана идея о необходимости установления Дня алтайской письменности. Она была поддержана общественными деятелями Республики Алтай и представителями мусульманской и буддийской общин и вынесена Горноалтайской епархией на рассмотрение в Государственное Собрание – Эл Курултай Республики Алтай.
23 марта 2023 года на очередной сессии Государственного Собрания – Эл Курултай Республики Алтай была утверждена памятная дата – День алтайской письменности. Это дата принятия закона «О языках», придавшего алтайскому языку статус государственного, – 3 марта 1993 года.
По материалам буклета «10-летие Горноалтайской епархии»,
изданного Горноалтайской епархией
